As duas formas são corretas. A diferença entre que e quê está, principalmente, na intensidade com que são pronunciados, sendo assim classificados em monossílabo tônico e monossílabo átono.
Monossílabo tônico: Você quer o quê?
Monossílabo átono: O que você quer?
Enquanto pronome interrogativo, QUE não é acentuado, desde que não apareça no final das frases.
Exemplos de QUE como interrogação:
Enquanto preposição, QUE é sinônimo da preposição de.
Exemplos de QUE como preposição:
Enquanto advérbio, QUE é sinônimo de quão e quanto.
Exemplos de QUE como advérbio:
Enquanto conjunção, QUE liga orações por coordenação ou subordinação, assumindo diversos significados: porque, e, ou, mas, desde que, visto que,...
Exemplos de QUE como conjunção:
Enquanto pronome interrogativo, QUÊ é sempre acentuado quando aparece no final das frases. Quando sozinho pode se referir a uma indicação para repetir uma fala, como oi e diz.
Exemplos de QUÊ como interrogação:
Enquanto substantivo, QUÊ indica alguma coisa, sendo sinônimo de algo, qualquer coisa, certa coisa e um tanto. Pode indicar também uma dificuldade ou complicação. Vem, normalmente, precedido de um artigo.
Exemplos de QUÊ como substantivo:
Enquanto interjeição, QUÊ indica contrariedade e espanto, como oh e o quê.
Exemplos de QUÊ como interjeição: