A forma correta de escrita desta expressão é sem crase.
Certo: Agradecemos a preferência.
Errado: Agradecemos à preferência.
O verbo agradecer é um verbo transitivo direto, estabelecendo regência sem a presença de uma preposição, quando o agradecimento se refere a alguma coisa. Não havendo preposição, não ocorre crase, estando apenas presente o artigo definido feminino a.
Se o agradecimento for feito a alguma coisa no masculino, facilmente se verifica que não ocorre contração:
A construção agradecemos à, com acento grave indicador de crase, está correta quando o agradecimento é feito a alguém e não a alguma coisa. Quando se agradece a alguém, o verbo agradecer é transitivo indireto, estabelecendo regência com a preposição a.
Se o agradecimento for feito a alguém do sexo masculino, facilmente se verifica que ocorre contração:
Podemos, assim, concluir que quem agradece, agradece alguma coisa a alguém.
As duas formas podem ser usadas, uma vez que o verbo agradecer também estabelece regência com a preposição por quando indica a causa ou motivo do agradecimento:
Ainda assim, alguns autores defendem que deve ser privilegiado o uso da preposição a, deixando a preposição por para construções com obrigado ou grato: