As duas formas têm significados diferentes, devendo ser usadas em situações diferentes.
A palavra enquanto, escrita de forma junta, transmite a ideia de tempo, proporção e conformidade. Indica, principalmente, durante o tempo que:
A sequência em quanto, escrita de forma separada, interroga ou verifica, principalmente, a quantidade e o preço de alguma coisa:
Enquanto é uma conjunção temporal, proporcional ou conformativa que indica: durante o tempo que, ao mesmo tempo que, à medida que, na qualidade de.
Enquanto é sinônimo de: durante, ao mesmo tempo que, no mesmo momento em que, ao passo que, na qualidade de, entre outras.
Em quanto é uma sequência formada pela preposição em e pelo pronome quanto, que pode ser indefinido, relativo ou interrogativo. Esta sequência é usada para obter informação sobre a quantidade, o preço e a intensidade de algo.
Em quanto é sinônimo de: em que quantidade, em que total, em que preço, em que valor, em que intensidade, quão grande, entre outros.
Veja também: De vez em quando ou de vez enquando.