Embora haja muita discussão e pouco consenso acerca deste assunto, as três expressões existem no português e estão corretas. A expressão em que pese a, escrita com a preposição a, apresenta um significado diferente das expressões em que pese e em que pesem, escritas sem a preposição a.
Em que pese a é sinônima de: por mais que desagrade a, ainda que lhe custe.
Em que pese e em que pesem são sinônimas de: apesar de, ainda que, não obstante.
Em que pese a é uma locução prepositiva invariável. Indica que algo pesa a alguém, ou seja, que custa, incomoda, causa pesar. É usada para referir pessoas.
Exemplos:
A preposição a pode ocorrer sozinha (primeiro exemplo), como também contraída com os artigos definidos o e os, formando ao e aos (segundo exemplos) e com os artigos definidos a e as, formando à e às (terceiro exemplo).
Nota: Diversos linguistas defendem que a pronúncia correta da palavra pese é com o primeiro e fechado (pêse). Contudo, a pronúncia com e aberto é a mais comum e aceita entre os falantes (pése).
A expressão em que pese atua como uma conjunção concessiva, sendo variável em número, ou seja, concordando com o sujeito posposto.
Exemplos: