As duas palavras estão corretas e existem na língua portuguesa. São sinônimas em alguns dos seus significados. Podemos utilizar os substantivos comuns femininos entoação ou entonação quando quisermos referir uma inflexão na emissão de um som, ou seja, uma acentuação, modulação, ênfase ou tom. A palavra entonação é a mais utilizada no português do Brasil enquanto a palavra entoação é a mais utilizada no português de Portugal. A palavra entoação pode significar ainda um tom correto e afinado, uma harmonia ou o ato de cantar ou declamar, sendo sinônima de afinação, correção, consonância, proporção, canto e declamação, entre outras.
Exemplos:
As palavras entoação e entonação são formadas a partir de derivação sufixal, ou seja, é acrescentado um sufixo a uma palavra já existente, alterando o sentido da mesma. Em entonação temos o verbo entonar mais o sufixo –ção: entonar+ -ção. Em entoação temos o verbo entoar mais o sufixo –ção: entoar+ -ção. O sufixo –ção é um sufixo nominal que se junta a um verbo para dar origem a um substantivo. Sugere a ação ou o resultado da própria ação. Neste caso, a ação ou o resultado de entonar ou entoar.
Entonação e entoação são palavras sinônimas de acentuação, inflexão, modulação, tom, variação, ênfase, solfejo, expressão, entoamento, módulo e acento, entre outras.
Existem, na língua portuguesa, palavras que apresentam mais do que uma grafia correta. A estas palavras chamamos formas gráficas variantes. Embora haja sempre uma forma preferida e mais utilizada pelos falantes, todas as formas são corretas.