As formas corretas de escrita da palavra são microrganismo e micro-organismo. A palavra microorganismo está errada desde a entrada em vigor do atual acordo ortográfico.
Certo: microrganismo
Certo: micro-organismo
Errado: microorganismo
Errado: micro organismo
As palavras microrganismo e micro-organismo devem ser utilizadas para referir organismos microscópicos, como as bactérias e os fungos, geralmente constituídos apenas por uma célula.
Microrganismo e micro-organismo são palavras formadas a partir de recomposição de elementos não autônomos ou falsos prefixos, unindo dois vocábulos numa só palavra: micro + organismo.
O elemento de formação de palavras micro- é de origem grega e transmite uma noção de pequeno. Na palavra microrganismos houve aglutinação e se perdeu a noção de composição.
Segundo o atual acordo ortográfico, o hífen é utilizado quando o prefixo (elementos não autônomo ou falso prefixo) termina com a mesma letra que começa a segunda palavra ou quando a segunda palavra começa com h.
Exemplos com hífen:
Em todas as outras situações, o prefixo é escrito junto à palavra já existente. Salienta-se que nas formações em que o prefixo termina em vogal e a segunda palavra começa com as consoantes r ou s, estas consoantes deverão ser duplicadas.
Exemplos sem hífen:
Existem, na língua portuguesa, palavras que apresentam mais do que uma grafia correta, como microrganismo e micro-organismo. A estas palavras chamamos formas gráficas variantes. Embora haja sempre uma forma preferida e mais utilizada pelos falantes, todas as formas são corretas.
Exemplos de formas gráficas variantes: