Embora sejam usados indiscriminadamente em linguagem informal, esse uso indiscriminado é inadequado numa linguagem cuidada e formal porque onde e em que apenas são sinônimos quando fazem referência a lugares. O pronome relativo onde não deverá ser usado com expressões que não indicam lugares, devendo ser privilegiado o uso de em que nessas situações.
Referência a lugar: O restaurante onde almocei com meu marido é caríssimo.
Não referência a lugar: Serão reavaliados os casos em que há dúvidas sobre a conclusão do processo.
A dúvida no uso de onde ou em que surge porque embora possamos substituir sempre onde por em que, nem sempre podemos substituir em que por onde. Onde, sendo um pronome relativo ou um advérbio de lugar, indica um lugar permanente. A utilização do pronome onde em situações que não refiram lugares gera uma falta de coesão semântica no texto, provocando menor clareza na transmissão da mensagem.
Assim, é inadequado usar a expressão onde para indicar algo que não seja um lugar, como uma ideia, uma situação, uma decisão, uma entrevista, um filme, uma época,… Nessas situações, onde deverá ser substituído por: em que, no qual, na qual, nas quais ou nos quais.