As duas palavras estão corretas e existem na língua portuguesa: reestruturação e restruturação.
A palavra reestruturação é tida como a mais correta e socialmente aceita, sendo a mais utilizada. O substantivo restruturação, embora com menor uso, aparece em dicionários como sendo o mesmo que reestruturação.
Sempre que quisermos referir o ato de organizar novamente, de estabelecer uma nova estruturação, podemos utilizar os substantivos femininos reestruturação ou restruturação.
As palavras reestruturação e restruturação são formadas a partir de derivação sufixal, ou seja, foi acrescentado o sufixo nominal -ção aos verbos reestruturar e restruturar. O sufixo nominal -ção forma um substantivo a partir de um verbo e transmite a própria ação ou o efeito dela.
Já os verbos reestruturar e restruturar são formados por derivação prefixal, sendo acrescentado o prefixo re- ao verbo estruturar. Em reestruturar, são mantidas as duas vogais e, a do prefixo e a do verbo. Em restruturar, ocorre a elipse de uma dessas vogais.
O mesmo ocorre nas suas palavras cognatas:
Nota: Alguma polêmica se tem gerado em torno da escrita do prefixo re- segundo o Novo Acordo Ortográfico, não havendo consenso na utilização ou não do hífen. Contudo, obras de referência oficiais registram sem hífen as palavras iniciadas com o prefixo re-.