A forma correta de escrita da expressão é se eu quiser. A expressão se eu querer está errada:
Muitos falantes fazem confusão entre as palavras quiser e querer, utilizando a forma no infinitivo impessoal querer em vez da forma no futuro do subjuntivo quiser.
Certo: Se eu não quiser ver esse filme, você se importa?
Errado: Se eu não querer ver esse filme, você se importa?
Certo: Você pode me levar ao planetário se eu quiser ir?
Errado: Você pode me levar ao planetário se eu querer ir?
Quiser é a forma conjugada do verbo querer na 1.ª ou 3.ª pessoa do singular do futuro do subjuntivo.
Este tempo verbal se refere a um fato que poderá ocorrer no futuro. Pode ser utilizado também para indicar o desejo de que algo aconteça ou a possibilidade de que algo aconteça.
Verbo querer - Futuro do subjuntivo:
(quando eu) quiser
(quando tu) quiseres
(quando ele) quiser
(quando nós) quisermos
(quando vós) quiserdes
(quando eles) quiserem
ou
(se eu) quiser
(se tu) quiseres
(se ele) quiser
(se nós) quisermos
(se vós) quiserdes
(se eles) quiserem
Querer é a forma conjugada do verbo no infinitivo impessoal.
O infinitivo impessoal deverá ser usado: quando não houver um sujeito definido, quando o verbo tiver regência de uma preposição, com sentido imperativo, quando o sujeito da segunda oração for igual, em locuções verbais e com alguns verbos que não formam locução verbal (ver, sentir, mandar,…).