As duas formas poderão estar corretas, conforme o contexto em que ocorrem.
Correto: Pode-se entrar?
Correto: Já se pode entrar?
Errado: Se pode entrar?
A forma básica de colocação pronominal é depois do verbo, em ênclise. Contudo, no português do Brasil, há uma grande preferência pela colocação pronominal antes do verbo, em próclise.
No Brasil o uso da próclise ou da ênclise é considerado facultativo desde que o verbo não se encontre no início da frase e não haja elementos que exijam uma colocação pronominal específica.
Assim, é errado dizer "se pode" no início da frase, estando as seguintes frases erradas:
Uma frase nunca deverá ser iniciada com o pronome oblíquo, sendo obrigatória a colocação do pronome depois do verbo, em ênclise. A frase fica então iniciada com a forma verbal.
Exemplos com ênclise no início da frase:
A próclise apenas poderá ser utilizada se houver um elemento que justifique o adiantamento do pronome, como: palavras que exprimem negação, conjunções subordinativas, pronomes relativos, pronomes indefinidos, pronomes demonstrativos, frases interrogativas e advérbios, sem que haja uma pausa marcada.
Exemplos com elementos que justificam a próclise:
Palavras negativas: não, nunca, ninguém, jamais,…
Conjunções subordinativas: embora, se, conforme, logo,...
Pronomes relativos: que, qual, onde,…
Pronomes indefinidos: alguém, todos, poucos,…
Pronomes demonstrativos: isto, isso, aquilo,…
Frases interrogativas: quem, qual, que, quando,…
Advérbios, sem que haja uma pausa marcada: aqui, talvez, já, ainda,...